Unidade orgânica de apoio ao funcionamento do Conselho, criada no Instituto Nacional de Estatística, nos termos da Lei do Sistema Estatístico Nacional. Entre as suas funções inclui-se o apoio técnico, jurídico e administrativo às atividades do Conselho, o acompanhamento da execução das decisões do Conselho, a preparação do Plano e Relatório de Atividades do Conselho, a preparação de seminários, debates e outros eventos nacionais e internacionais de interesse para o Sistema Estatístico Nacional e a gestão do site do CSE na Internet.
As funções de Secretário do CSE são exercidas por um quadro superior do Instituto Nacional de Estatística, designado pelo Presidente do CSE, sob proposta do Presidente do Conselho Diretivo do Instituto Nacional de Estatística. Participa nas reuniões do Conselho, sem direito a voto e tem competências para:
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