Os Grupos de Trabalho do Conselho são criados pelas Secções de acordo com a respetiva área temática.
Desenvolvem a sua atividade orientada para o cumprimento dos objetivos definidos pela Secção que os criou, apresentando relatórios de acordo com o mandato definido.
Encontram-se atualmente em funcionamento - nalguns casos até deliberação da respetiva Secção Permanente - os seguintes Grupos de Trabalho (GT):
> Secção Permanente de Coordenação Estatística
> Secção Permanente de Estatísticas Económicas
> Secção Permanente de Estatísticas Sociais
> Secção Permanente de Estatísticas de Base Territorial